عوامل عمده موثر در پیدایش آلودگی و فساد مواد غذایی به چند دسته تقسیم می شوند، دسته اول باکتری ها هستند که به صورت های مختلفی مواد غذایی را فاسد می کنند.
دسته دوم، یعنی کپک ها که در حضور رطوبت کافی( 70 تا 90 درصد) فعالیت بهتری دارند و نیز محیط های قندی و اسیدی برای آن ها مطلوب تر است اما با وجود این، کپک ها در رطوبت های کمتر، دمای پایین و روی انواع مواد غذایی می توانند رشد و فعالیت داشته باشند. وقتی شرایط برای برای فعالیت آنها نا مساعد شود فورا ایجاد اسپور می کنند که در برابر خشکی و سرما مقاوم است و در فضا پراکنده می شود.
با مساعد شدن شرایط، اسپور ها به سرعت به شکل فعال بر می گردند. حشرات گروه دیگری از عوامل آلوده کننده مواد غذایی را تشکیل می دهند که علاوه بر آلوده کردن مواد غذایی با انتقال میکروب ها و نیز باقی گذاشتن مواد دفعی خود روی غذا ها موجب آلودگی آنها می شوند.
برای مثال مگس وقتی روی مواد غذایی می نشیند ابتدا مقداری از ترشحات دستگاه گوارش خود را روی آن می ریزد تا بخشی از غذا را به صورت محلول در آورد و بمکد.علاوه بر آنزیم های ترشح شده از عوامل فساد مانند باکتری ها و کپک ها، آنزیم های طبیعی موجود در مواد غذایی نیز می توانند عامل تجزیه و در نتیجه فساد آنها باشد.
گرما و رطوبت هم به عنوان عوامل مساعد کننده شرایط برای فعالیت عوامل فساد عمل می کنند و همچنین عواملی مانند نور و اکسیژن باعث تغییراتی در مواد غذایی مثل اکسید شدن روغن ها و ویتامین ها می شوند.