دانشمندان با يك ليست تطبيقي پنج مرحله‌اي دور هم مي‌نشينند كه احساس التزام  براي دنبال كردن آن داشته باشند. در حقيقت مراحل تغيير و تبديل و تفسير كاملا انعطاف پذير و قابل تغيير است.

تصوير2- هر شخصي كه مي‌خواهد مسأله‌اي را حل كند، مي تواند مشاهده‌هايي را انجام داده و از روش علمي استفاده كند.

يك دانشمند ممكن است مدت زمان طولاني را در مرحله‌ي مشاهده سپري كند. دانشمند ديگري شايد هرگز زمان زيادي را صرف طراحي و انجام آزمايش‌ها نكند. داروين حدود 20 سال وقت صرف تحليل اطلاعات به‌دست آمده كرد. وي پيش از تحليل اطلاعات را جمع آوري نمود. در حقيقت مقدار زيادي از كار داروين يك پيگيري خردمندانه بود. تلاش او در كنار هم قرار دادن اين پازل به گونه‌‌اي بود كه شايد بتوان گفت كسي مانند وي اين مراحل را كامل طي نكرده است.

بايد باز هم يادآوري كنيم كه اين شيوه‌ مختص دانشمندان بسيار فرهيخته نيست و براي هر كسي كه سعي كند مسأله‌اي را حل كند مفيد مي‌باشد. برا ي اين منظور مثالي مي‌زنيم: شما يا يكي از اعضاي خانواده در حال رانندگي براي رفتن به يك فروشگاه هستيد. قبل از رسيدن ماشين شما داغ مي‌كند.

شكل گوياي مثال فوق هست. هنگامي كه چراغ اخطار دما (تحقيق) آغاز مي‌شود، چه چيز موجب جوش آوردن ماشين مي‌شود؟ يك فرض اين‌است كه ترموستات كار نمي‌كند؛‌ فرض ديگر در مورد رادياتور است و ديگر اينكه تسمه پروانه مي‌تواند شكسته باشد.

ساده‌ترين راه حل اين‌است كه نقطه‌ي آغاز خوبي است و راحت‌ترين موردي در اين‌باره مورد آزمايش قرار مي‌گيرد، تسمه پروانه است. اگر واقعا تسمه پروانه شكسته باشد مي‌توانيد با خيال راحت از منشأ مشكل سردر آوريد. به هر ترتيب يك آزمايش هنوز نياز به اطمينان دارد. در اين مثال تعويض تسمه و روشن كردن موتور و بررسي دماي آن است. اگر اين اتفاق روي ندهد، مي‌توانيد فرضتان را در مورد تسمه‌ پروانه پذيريد. اگر تسمه نشكست بود يا اگر جوش آوردن ماشين حتي بعد از تعويض ادامه يافت بايد فرضتان نظر كنيد.

شايد متوجه شديد كه مثال بالا شامل يك عبارت «اگر...پس» نيست. همچنين شايد توجه داشته باشيد كه شامل گروه‌هاي كنترل و آزمايش هم نيست، چراكه حل مشكلات روزمره نياز به چنين تشريفاتي ندارد. ولي نياز به يك استدلال منطقي و يك جريان فكري كه حاصلش در يك فرضيه قابل آزمايش است تا انجام شود. بنابراين اگر هر فردي مي‌تواند روش علمي را به كار برد، چرا با زمينه‌هايي چون زيست و شيمي و فيزيك اين‌چنين معنادار مربوط مي‌شود؟ چراكه محققان روش علمي را با دقتي بسيار به كار مي‌گيرند. به گونه‌‌اي كه غير از دانشمندان كسي از اين روش استفاده نمي‌كند. ما چرايي اين مسأله را در بخش بعدي بررسي خواهيم كرد.

روش علمي كوشش دارد اثرهاي منفي تعصب كاري و يا غرض‌ورزي را در آزمايشگر به حداقل برساند. حتي بهترين دانشمندان تجربي‌-كار هم نمي‌توانند از تعصب در امان بمانند. نتايج حاصل از باورهاي شخصي همانند عقايد فرهنگي، به اين معناست كه هر فرد اطلاعات را برمبناي تجربه‌ي شخصي خود فيلتر كند. متأسفانه مراحل فيلتر كردن مي‌تواند موجب شود كه يك دانشمند يك نتيجه‌ را بر ديگري ترجيح دهد. براي برخي، تلاش جهت حل يك مسأله درباره‌ي خانه‌ي خالي اين پازل، تسليم شدن براين نوع تعصب‌ها چندان بزرگ نيست.

ولي در جامعه‌ي علمي، جايي كه نتايج بايد تجديد نظر و تكرار شود،‌ به هر قيمتي بايد از تعصب و غرض‌ورزي اجتناب كرد. اين وظيفه‌ي روش علمي است. فراهم آوردن يك هدف، به كارگيري يك رهيافت استاندارد شده در تحقيقات، دانشمندان با بي‌پروايي مي‌توانند در مورد حقايق ترديد كنند و تأثير اشخاص را محدود كنند، نكته‌اي كه قبلا عقيده پيدا كرده‌اند.

حتي با چنين روش‌شناسي قاعده‌مندي هنوز هم برخي از دانشمندان اشتباه مي‌كنند. به عنوان نمونه،‌آن‌ها يك فرضيه براي تعريف يك رويداد بدون انجام آزمايش‌ها را به خطا رفتن مي‌بينند يا اطلاعاتي كه فرضيه را تأييد نمي‌كنند ناديده بگيرند.

گريگور مندل (1822-1884) كشيشي استرليايي بود كه وراثت ويژه را در گياه نخودفرنگي مطالعه كرد و به شروع مطالعه‌ي ژنتيك كمك كرد، ممكن بود دستخوش نوعي خطاي شناخته شده هم‌چون تأييد آن غرض شود.

اين غرض‌ورزي تمايل به ديدن اطلاعاتي است كه فرضيه‌اي را تأييد مي‌كند. در صورتي‌كه اطلاعات نديد گرفته شده‌اي وجود ندارد.

برخي استدلال مي‌كنند كه «مندل» يك نتيجه‌ي قطعي را با استفاده از يك اندازه واحد كوچك به‌دست آورد، سپس جمع آوري اطلاعات را ادامه داد و آن‌ها را براي كسب اطمينان بيش‌تر از اطلاعات اصلي استفاده كرد. در طول زمان به هر ترتيب روش علمي كار مي‌كرد و بسيار هم عالي نتيجه مي‌داد. هنگامي كه يك فرضيه يا گروهي از فرض‌هاي وابسته به آن به واسطه‌ي آزمون‌هاي تجربي مكرر تأييد شوند، ممكن است تبديل به يك تئوري شود، كه مي‌تواند تفكري هم‌چون يك «گلدان طلايي» در انتهاي رنگين كمان روش علمي باشد.

تئوري‌ها در قلمرو پهناورتري نسبت به فرض‌ها قرار گرفته‌اند و قدرت پيش‌گويي عظيمي را دست دارند. مثلاً تئوري نسبيت وجود سياهچاله‌هاي بزرگ را قبل از وجود ملاكي براي تأييد اين فرض پيش‌بيني مي‌كند. بايد به خاطر داشته باشيد كه به هر حال، تأييد درستي تئوري‌ها از اهداف علم نيست، ولي براي اثبات آن‌ها غلط است. هرگاه چنين شود، آن تئوري بايد اصلاح شود يا به ‌طور كامل از آن دست كشيد.

به وضوح روشهاي علمي ابزار قدرتمندي هستند، ولي محدوديت‌هاي خاص خود را نيز دارند. اين محدوديتها برمبناي اين حقيقت است كه يك فرضيه بايد قابل آزمايش و ابطال‌پذيري باشد و آزمايش‌ها و مشاهده‌هاي آن‌ها تكرارپذير باشد.