در پیام معاون وزیر آموزش و پرورش در پی شهادت آیت‌الله شیخ نمر آمده است: ضمن محکوم کردن این اقدام، خواستار برخورد جدی مجامع بین‌المللی به ویژه نهادهای حقوق بشری و شخصیت‌های دینی، علمی و سیاسی جهان اسلام با دولت سعودی هستیم.

به گزارش روابط عمومی و امور بین الملل سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی، حجت الاسلام و المسلمین دکتر محمدیان با صدور پیامی جنایات آل سعود را نوعی خوش خدمتی به اربابان آمریکایی و صهیونیستی قلمداد کردند، که حاکی از شکل‌گیری فتنه‌ای جدید در منطقه است. متن پیام به شرح ذیل است:
 
بسم الله الرحمن الرحیم
 
 "وَ مَنْ قُتِلَ مَظلوماً فَقَدْ جَعَلْنا لِوَلیِّهِ سُلْطاناً،"
انتشار خبر شهادت آیةالله مجاهد شیخ نمر باقر النمر، روحانی مبارز، ضد استبداد و آزادی خواهِ سرزمین حجاز به دست حاکمان جائر و سرسپرده سعودی، موجی از بُهت و نگرانی و تأسف و تأثر را در جهان اسلام بویژه علما و اندیشمندان پدید آورد.
این اقدام بسیار زشت و جرم نابخشودنی دولت وهابی صهیونیستیِ آل سعود، نشانگر جنون سیاسی حاکمان سرزمین حجاز در مسابقه کسب رضایت اربابان و هم‌پیمانان صهیونیستی خود و ایجاد فتنه‌ای جدید در منطقه به نیابت از امریکایی هاست.
در سناریوی نوشته شده، غربی‌ها و دولت سعودی می‌کوشند، این دولت را به عنوان نماینده جهان اسلام به دنیا تحمیل کنند و هر آنچه از رفتارهای خشونت‌آمیز وغیرعقلانی و افراطی‌گری از آن‌ها سرمی‌زند به نام اسلام معرفی کنند، در حالی که نه دولت سعودی، دولت اسلامی است و نه جریان فکری وهابیت از سوی اهلِ سنت نمایندگی دارد و نه از مذاهب شناخته شده تسنن بشمار می‌آید.
البته آنچه در کارنامه حکومت سعودی بیشتر از هر اقدامی به چشم می‌خورد، سیاهه‌ای طولانی از خشونت، جنایت و خیانت در حق امت اسلامی است. تشکیل و تقویت گروه‌های تروریستی، همچون القاعده و طالبان و داعش و ده‌ها جوخه مرگ و غارت و راه‌اندازی جنگ‌های نیابتی و فرقه‌ای در کشورهای سوریه، عراق، یمن، لیبی و افغانستان و توطئه در سرزمین‌های اسلامی و غیرمسلمان و حتی در سرزمین‌های عربی که بیداری اسلامی در آنها شکل گرفته است، همانند مصر، تونس، بحرین و همه و همه از نقش خیانت‌بار دولتمردان و مفتیان شکل‌دهنده هیأت حاکمه سعودی حکایت دارد.
ما ضمن محکوم کردن این اقدام شناعت‌آمیز دولت سعودی، خواستار برخورد جدی مجامع بین‌المللی به ویژه نهادهای حقوق بشری و شخصیت‌های دینی، علمی و سیاسی جهان اسلام با دولت سعودی هستیم و هشدار می‌دهیم که قصرنشینان ریاض با توجه به این کریمه به سنت الهیِ استدراج بیاندیشند، آنجا که فرمود: "وَ لا یَحسَبَنّٓ الَّذِینَ کَفروُا أَنَّمَا نُمْلی لَهُمْ خَیْرٌ لِاَنْفُسِهمْ أَنَّمَا نُملی لهُمْ لِیَزْدادوُا اِثماً وَ لَهُمْ عَذَابٌ مُهینٌ "
در خاتمه یادآور می‌شویم که فریاد و دعوت شهید آیةالله شیخ نمر نه تنها در منطقه عوامیه و قطیف و سرزمین حجاز بلکه در تمام جهان اسلام پژواک خواهد یافت و نابودی و سقوط حاکمان سعودی را از اریکه سلطنت شتاب خواهد بخشید.
شهادت بر او و یاران شهیدش گوارا باد و در جوار رحمت حق تعالی، همنشینی با اولیاء الهی و سالار شهیدان حسین‌بن علی علیهم السلام بر او مبارک باشد.
مجددا ضمن عرض تبریک و تسلیت شهادت این عالم نستوه و امر به معروف و ناهی از منکر، به جهان اسلام، مردم شریف و پیروان اهلِ بیت علیهم السلام در حجاز، منطقه العوامیة و قطیف و احصاء، حوزه‌های علمیه، مراجع عظام تقلید، بویژه ساحت قدسی حضرت حجت ارواحنا فداه از درگاه خداوندی مجازات و قهر و غضب بر مسببّان این جنایت را مسألت می‌نمائیم." وَ سٓیَعلَمُ الَّذِینَ ظَلَمُوا ایَّ مُنْقلَبٍ یَنْقَلِبونَ "
 
بیست و یکم ربیع المولود ١٤٣٧مطابق با دوازدهم دی ماه ١٣٩٤
محی الدین محمدیان