پروتئین‌ها ساختارهاي مختلفي دارند؛ ردیف آمينواسيدها که به صورت یک زنجیره به یکدیگر اتصال دارند، ساختار نوع اول پروتئین‌ها را تشيكل مي‌دهند. اما زنجیره‌ي آمينواسيدي كه به شکل مارپیچ درمی‌آید، به نام «ساختار نوع دوم» معروف است. علت به وجود آمدن اين مارپيچ‌ها وجود پيوند هيدروژني بين اتم‌هاي آمينواسيدها است. پیوندهای هیدروژنی یک اتم هیدروژن را به اتم اکسیژنی که در سومین آمین زیرین زنجیر است متصل می‌کند. گروه N-H يك آمينواسيد با گروه C=O آمينواسيدي كه در زنجيره مورد نظر 4 آمينواسيد جلوتر قرار دارد پيوند هيدروژني برقرار مي‌كند. مي‌خواهيم يك آلفا هليكس طراحي كنيم كه يك طرف آن مواجه با محيط آبي (آب‌دوست) و طرف ديگر آن به طرف داخل پروتئين (آب‌گريز) باشد. حداقل نام و ترتيب قرار گرفتن 12 آمينواسيد را كه مي‌توانند در زنجیره‌ي اين مارپيچ قرار بگيرند مشخص كنيد.
مارپيچ آلفا داراي 4 آمينواسيد در هر چرخه است لذا آمينواسيدهاي شماره‌ي 1، 4، 5،8، 11 و 12 در يك طرف و آمينواسيدهاي شماره‌ي 2، 3، 6، 7، 9 و 10 در يك طرف قرار مي‌گيرند. به‌طور كلي محيط آبي اطراف پروتئين باعث مي‌شود كه آمينواسيدهاي هيدروفيل (آب‌دوست) در طرف محيط آبكي (قطبي) و آمينواسيدهاي هيدروفوب (آب‌گريز) در طرف رو به مركز مارپيچ (غير قطبي) قرار گيرند.
ساختار مارپيچ آلفا با يك طرف آب‌دوست و يك طرف آب‌گريز با قرارگيري آمينواسيدهاي آب‌دوست در يك طرف (در موقعيت‌هاي 1،4،5،8،11 و 12 توالي آمينواسيدها) و آمينواسيدهاي آب‌گريز در يك طرف (در موقعيت‌هاي 2،3،6،7،9 و 10 توالي آمينواسيدها) به دست مي‌آيد مثل توالي كه در زير نشان داده شده است.
| Asn | Thr | Phe | Trp | Glu | Ile | Leu | Gln | Ser | Ala | Val | Asp | 12 | 11 | 10 | 9 | 8 | 7 | 6 | 5 | 4 | 3 | 2 | 1 |
|