یک گروه شامل بیش از پنجاه دانشمند، وب‌سایتی ساخته‌اند تا با آن به زیست‌شناسان کمک کنند از استفاده از مواد شیمیایی با کیفیت پایین که سبب ضعیف شدن نتایج آزمایش‌ها در حوزه‌ی زیست‌شناسی مولکولی و کشف دارو می‌شود جلوگیری کنند.

Alen Edwards بیوشیمیست و رئیس کنسرسیوم ژنتیک ساختاری، یک مشارکت دولتی-خصوصی به منظور مطالعه‌ی پروتئین‌های مهم در کشف داروها می‌گوید: «اگر مواد شیمیایی مورد استفاده برای انجام آزمایش‌ها بی‌کیفیت باشد، نتایج علمی به دست آمده از آنها بی‌ارزش خواهند بود و این یعنی هدر دادن پول و مشاغل.» طبق توضیحات ادواردز اگرچه در متون علمی به مسئله‌ی نقص برخی ابزار و مواد شیمیایی بسیار پرداخته شده است، می‌بینیم که دانشمندان همچنان از این مواد و ابزار در آزمایش‌های خود استفاده می‌کنند و راه‌های کنونی نمی‌توانند این مشکل را حل کنند.

پورتال پروب‌های شیمیایی (The Chemical Probes Portal) که ادواردز و ده‌ها تن دیگر در مورد آن در تفسیری چاپ شده در ژورنال Nature Chemical Biology در ۲۱ جولای توضیح داده‌اند، تلاشی به منظور ایجاد یک راه برای بهبود وضعیت کنونی است. پروب‌های شیمیایی مولکول‌های کوچکی هستند که برای اتصال به پروتئینی خاص و مختل کردن عملکرد آن طراحی شده‌اند. این پروب‌ها ابزاری ارزشمند برای زیست‌شناسان در تلاش به منظور پیدا کردن آنچه یک پروتئین خاص در یک سلول انجام می‌دهد و یا برای کاشفان دارو به منظور بررسی اینکه آیا تغییر در کارکردی خاص می‌تواند اساس یک روش درمانی باشد هستند. اما پروب‌ها اغلب در عملکرد پروتئین‌های غیر مرتبط به طور ناخواسته تداخل ایجاد می‌کنند و میزان قابل اعتماد بودن آنها به نوع سلول بستگی دارد. این مسئله می‌تواند سبب انتشار نتایج غیر واقعی و نامطمئن از انجام آزمایش‌ها با این پروب‌های نامرغوب شود.

ساختار پروتئين P13

به گفته‌ی ادواردز استفاده از پروب‌های غیر قابل اعتماد و نامرغوب منجر به انتشار هزاران مقاله با نتایج غلط و همچنین آزمایش-های شکست‌خورده بر روی سرطان سینه که در آن بیش از ۵۰۰ نفر از سال ۲۰۰۹ تا ۲۰۱۱ شرکت داشتند شده است. برای مثال، یک نوع پروب که در ابتدا به عنوان مهارکننده‌ی پروتئینی خاص به نام PI3 kinase شناخته شده بود، بیش از یک دهه‌ی پیش اثرات قوی آن بر بسیاری از پروتئین‌های دیگر مشخص شد.

 پروب‌های بهتری برای PI3 وجود دارند، اما تقریباً تمام فروشندگان مواد شیمیایی نوع اولیه و نامرغوب آن را تبلیغ می‌کنند. همچنین بیش از هزار مقاله از سال ۲۰۱۴ تاکنون در مورد آزمایش‌هایی که با این پروب غیر قابل قبول انجام شده‌اند به چاپ رسیده است. در این پورتال جدید پروب‌های مناسب برای استفاده با پروتئین‌های خاص معرفی می‌شوند. همچنین سیستم‌های آزمایشی و غلظت مناسب مواد برای انجام هرچه بهتر آزمایش‌ها در این پورتال در اختیار مخاطبان قرار داده می‌شود.

Kip Guy زیست‌شیمی‌شناس در بیمارستان تحقیقاتی کودکان St. Jude واقع در ممفیس، تنسی می‌گوید: «من فکر می‌کنم وجود یک پایگاه داده ابزاری بسیار مفید است. یافتن اطلاعات مناسب و مفید در متون علمی کاری طاقت‌فرساست.» وی پیش‌بینی می‌کند که از این پرتال هم برای طراحی آزمایش‌های خود استفاده کند و هم در هنگام بررسی کمک‌های مالی و مقالات علمی از اطلاعات آن بهره ببرد.

در حال حاضر به گفته‌ی William Zuercher زیست‌شیمی‌شناس دانشگاه North California واقع در Chapel Hill که یکی از نویسندگان تفسیر ذکر شده نیز هست، این پورتال تنها حاوی مطالبی در مورد هفت پروب است. این پورتال مبلغ ۵۰ هزار پوند (۷۸ هزار دلار امریکا) بودجه از موسسه‌ی خیریه‌ی زیست‌پزشکی Wellcome Trust لندن دریافت کرده است. همچنین گروهی از نویسندگان تفسیر متعهد شده‌اند اطلاعاتی در مورد انواع پروب‌ها جمع‌آوری کنند. این تیم امیدوار است در چند هفته‌ی آینده فردی را برای مدیریت پروژه استخدام کند. به گفته‌ی Zuercher موفقیت این پورتال وابسته به تلاش کارشناسان برای حل این مشکل است. برای تکمیل و بهبود این منابع به کمک افراد مختلف نیاز است.

منبع:

Scientists unite to warn against flawed chemical reagents

منابع مفيد:

Chemical Probes

Phosphoinositide 3-kinase

Chemical Probes-sgc

پروتئين چيست؟

پروتئين

سرطان

Reproducibility crisis: Blame it on the antibodies

Chemistry: Chemical con artists foil drug discovery

Traditional drug-discovery model ripe for reform